Основная масса корневой системы карликовых деревьев лежит на глубине до 40 см около штамба. Корни большинства карликовых подщеп очень сильно крошатся. На участках с сильными ветрами при глубоком перекапывании грунта в приштамбовых кругах, а также после сильных дождей и поливов, особенно при обильном урожае, карликовые деревья могут нагибатся и даже выворачиваться с корнями. Поэтому выращивать слаборослые деревья можно только с надёжной опорой.

Если прщепить недостаточно морозостойкий сорт на вегетативную подщепу, то это снижает его морозостойкость в те года, когда плохие условия роста. На карликовых подщепах желательно выращивать лишь зимостойкие месные сорта.

Замечено, что деревья на слаборослых подщепах хуже ростут на переувлажнённой почве, нежели деревья на семенных подщепах. Погибают они в основном от подпревания коры ниже места соединения прищеплённого сорта с подщепою.